R

i2basque(e)tik

Hona jo: nabigazioa, bilatu

R kalkulu estatistikoak egiteko eta ikuskatzeko diseinatu den programa eta hizkuntza da.

R-ren (32 bit) instalazioa

R programa 32 biteko bertsioan instalatu da 32 biteko nodo guztietan, baina grafikoan pantailatik ateratzeko aukera ematen duen R-ren euskarri grafikoa baino ez da instalatu (i2BASQUE-en Grid-en frontend nodoa).

R-ren webean R instalatzeko eskuliburua dago eta, dokumentazioaren atalean, R eskuliburu osoak daude.

Lehenengo eta behin, iturri-kodea jaitsi behar da R-ren edozein mirror-etatik. Deskargatu ondoren, deskonprimatu eta direktorio sorberrian sartuko gara.

R instalatzeko, lehenengo eta behin, falta diren liburutegi batzuk instalatu behar izan ditugu, apt-get erreminta erabiliz':

apt-get install libreadline5 libreadline5-dev libxt-dev

Beste kasu batzuetan bezala, liburutegi batzuk falta direla konturatu gara, instalazioa konfiguratzen edo konpilatzen hasi ondoren.

Ondoren, config.site artxiboa konfiguratuko dugu, konpilazio aukerekin eta konpilatzeko erabiliko ditugun liburutegietarako bide absolutuekin. Fitxategi horretan honako aldaera hauek sartuko ditugu:

CC=/opt/intel32/cc/9.0/bin/icc
ICC_LIBS=/opt/intel32/cc/9.0/lib/
CFLAGS="-mp -g -O2"
F77=/opt/intel32/fc/9.0/bin/ifort
IFC_LIBS=/opt/intel32/fc/9.0/lib
FFLAGS="-mp -g -O2"
LDFLAGS="-L$ICC_LIBS -L$IFC_LIBS -L/usr/lib64"
CXX=/opt/intel32/cc/9.0/bin/icc
CXXFLAGS="-mp -g -O2"
BLAS_LIBS="-L/opt/mkl/8.0.1/lib/32 -lmkl -lguide -lpthread"
LAPACK_LIBS="-L/opt/mkl/8.0.1/lib/32 -lmkl_lapack"

Aldaeren zerrenda horretan ikusten denez, Intel-en C eta Fortran konpilatzaileak erabili ditugu, 9.0 bertsioetan. Gainera, Intelen liburutegi matematikoak erabiliko dira, Intel Math Kernel Library, 8. bertsioa; Intel prozesadoreetarako optimizatuta daude.

Gero konfigurazio hau egingo dugu:

./configure --x-libraries=/usr/X11R6/lib --prefix=/opt/R32

Konfiguratu ondoren, konpilatu egin behar da:

make

Konpilazioak akatsa ematen du; hau da, adierazpen erregular akastuna dagoela dio. Arazoa [[:blank:]]*([[:alnum]]+) adierazpen erregularra src/library/profile/Common.R. fitxategian exekutatzearen ondoriozkoa da. Baina arazoa, izan ere, src/main/regex.c fitxategia –O2 optimizazio aukerekin konpilatu ezin izatea da. Horretarako, regex.o fitxategia ezabatu eta eskuz konpilatu behar da, lehen aipaturiko konpilazio aukeren arabera:

cd src/main
/opt/intel32/cc/9.0/bin/icc -I../../src/extra/zlib -I../../src/extra/bzip2 \
-I../../src/extra/pcre  -I. -I../../src/include \
-I../../src/include -I/usr/local/include -DHAVE_CONFIG_H \
-mp -g -c regex.c -o regex.o

Gero, direktorio nagusira itzuli eta make komandoa errepikatuko dugu.

Azkenik, konpilaturiko sistema aztertu eta sistema behin betiko direktorioan instalatu behar da (/opt/R32):

make check
make install


R-ren (64 bit) instalazioa

R-ren instalazioa, i2BASQUE-en 64 biteko sistemetan, 32 bitekoen berbera da, honako aldaketa hauekin.

Ez dago zertan pakete gehigarririk instalatu; izan ere, R ilaren sistematik batch kalkulatzeko baino ez da erabiliko, eta ez da ahalbidetuko grafikoen ikuskapena, ezta libreadline liburutegian oinarrituriko interfazea instalatuta ere.

Aldatu egiten dira config.site fitxategian jarri beharreko aukerak:

CC=/opt/intel64/cce/9.0/bin/icc
ICC_LIBS=/opt/intel64/cce/9.0/lib/
CFLAGS="-mp -g -O2"
F77=/opt/intel64/fce/9.0/bin/ifort
IFC_LIBS=/opt/intel64/fce/9.0/lib
FFLAGS="-mp -g -O2"
LDFLAGS="-L$ICC_LIBS -L$IFC_LIBS -L/usr/lib64"
CXX=/opt/intel64/cce/9.0/bin/icc
CXXFLAGS="-mp -g -O2"
BLAS_LIBS="-L/opt/mkl/8.0.1/lib/em64t -lmkl -lguide -lpthread"
LAPACK_LIBS="-L/opt/mkl/8.0.1/lib/em64t -lmkl_lapack"

Halaber, aldatu egin behar da konfigurazio lerroa, libreadline, libreadline-dev eta libxt-dev paketeak ez erabiltzeko, ez baitute R-ren exekuzio elkarreragilea, grid-en zenbaketa nodoetan. R-rekiko kalkuluen emaitzak ikusteko (ilaren sistematik jaurtikitakoak), frontend erabili behar da: 32 biteko makina horretan instalaturik daude R-ren euskarri grafikoa eta libreadline-n oinarrituriko interfaze lagunkoia.

./configure --with-readline=no --with-x=no --prefix=/opt/R64

64 biteko instalazioan ez dugu regex.c fitxategia konpilatu beharrik izan, make-ren exekuzioak ez baitu adierazle erregularreko akatsik eman, lehen gertaturikoaren alderantziz.

R-ren instalazio informazioa R-ren instalazio eskuliburu-tik aterata dago.


R-ren erabilera i2BASQUE-en Grid-en

Sekzioa eraikitzen ari da



Itzuli i2BASQUE-en GRID eskuliburura

Tresna pertsonalak
Beste hizkuntzetan